بدأت فكرة إنشاء المتحف في عام 1891م عندما فكر عالم الآثار الإيطالي "جوزيبي بويت" في تخصيص مكان يحتوي على الاكتشافات الأثرية التي تم الكشف عنها بالإسكندرية بما يعمل على الحفاظ على تاريخها الثقافي، خاصة بعد أن تم إيداع تلك المكتشفات بمتحف بولاق بالقاهرة.
ثم قام المهندس الألماني ديرتيش والمهندس الهولندي ليون ستينون ببناء مبنى المتحف الحالي عَلى طراز المباني اليونانية، وافتتح المتحف لأول مرة في عهد الخديوي عباس حلمي الثاني في 26 سبتمبر عام 1895م.
يحتوي المتحف على 10 ألاف قطعة أثرية تنوعت موضوعات العرض داخل قاعات العرض المتحفي
